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치료가 길어지는 희귀질환이나 중증난치질환은 산정특례로 본인부담률을 10%까지 낮춰 왔지만, 암(5%)과 비교하면 두 배였습니다. 2026년 12월 1일부터 희귀·중증난치질환자의 건강보험 본인부담률이 10%에서 7%로 낮아집니다. 산정특례에 등록된 약 136만 명이 대상이고, 1인당 연평균 본인부담은 약 75만 원에서 약 53만 원으로 줄어들 것으로 정부가 밝혔습니다.
본인부담률 인하는 「국민건강보험법 시행령」 일부개정령안이 근거입니다. 보건복지부가 2026년 11월 4일부터 11월 16일까지 입법예고 중이며, 법제처 심사와 국무회의 의결을 거쳐 12월 1일부터 시행할 계획입니다. 시행일은 입법 절차 결과에 따라 달라질 수 있으니 최종 시행 여부는 복지부 공식 공지로 다시 확인해 주세요.

무엇이 바뀌었나
보건복지부는 2026년 11월 4일 「국민건강보험법 시행령」 일부개정령안을 입법예고하고, 희귀·중증난치질환자의 건강보험 급여 진료비 본인부담률을 10%에서 7%로 낮추는 안을 밝혔습니다.
이번 인하는 지난 9월 건강보험정책심의위원회에서 의결된 "본인부담률 단계적 인하(10%→7%→5%)"의 첫 단계입니다. 복지부는 2026년 12월 7%로 낮추고, 2028년 상반기에는 다른 중증질환(암·심뇌혈관질환 등)과 같은 5%까지 인하할 계획이라고 설명했습니다.
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언제부터, 얼마나 줄어드나
정부 발표 기준 핵심 수치는 아래와 같습니다. 비급여 진료비와 입원 중 식대 본인부담(50%)은 그대로 유지됩니다.
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| 구분 | 현행 | 2026년 12월 1일 이후(예정) |
| 희귀·중증난치질환자 본인부담률 | 10% | 7% |
| 1인당 연평균 본인부담액(정부 추정) | 약 75만 원 | 약 53만 원 |
| 대상 | 산정특례에 등록된 희귀·중증난치질환자 약 136만 명 | |
| 비급여 · 입원 식대 50% 본인부담 | 현행대로 유지 | |

누가 대상인가 (산정특례 등록자)
인하된 7% 본인부담률은 자동으로 적용되지 않습니다. 본인일부부담금 산정특례 제도에 "희귀질환" 또는 "중증난치질환"으로 등록되어 있어야 혜택을 받을 수 있습니다. 국민건강보험공단 안내에 따르면 산정특례는 「국민건강보험법」 제44조와 같은 법 시행령 제19조 제1항 별표2를 근거로 운영되는, 본인부담률을 낮춰 주는 제도입니다.
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본인일부부담금 산정특례 제도 안내에 따르면 등록 대상은 다음과 같습니다.
- 희귀질환자: 별표4(희귀질환자 산정특례 대상)에 해당하는 상병으로 진단된 환자. 별지 제2호 서식에 따라 등록하면 등록일로부터 5년간 해당 상병 진료에 적용됩니다. 단, "상세불명 희귀질환"은 등록일로부터 1년간 적용됩니다.
- 중증난치질환자: 별표4의2(중증난치질환자 산정특례 대상)에 해당하는 상병으로 진단된 환자. 등록 뒤 5년간 해당 상병 진료에 적용됩니다. 단, 인체면역결핍바이러스질환(B20~B24)은 별도 등록 없이 적용됩니다.
현재 희귀·중증난치질환자에게는 산정특례로 10% 본인부담률이 적용되는데, 복지부 발표에 따르면 2026년 12월 1일 이후 진료분부터는 7%로 낮아집니다. 산정특례 등록자이면서 해당 상병으로 진료받을 때만 이 7%가 적용된다는 점을 기억해 주세요.
어디까지 적용되고, 어디는 그대로인가
보도참고자료에 명시된 적용 범위는 "해당 질환 진료 시 건강보험 급여 진료비 본인부담률 10% → 7%"입니다. 즉, 건강보험이 적용되는 진료비 부분에만 7%가 적용됩니다.
- 그대로 유지되는 것: 비급여 진료비(건강보험 적용 밖의 항목), 입원 중 식대 본인부담 50%는 현행과 같습니다.
- 적용 범위: 산정특례 공식 안내에 따르면 외래·입원진료(질병군 입원진료, CT·MRI·PET 등 고가의료장비 사용 및 약국 포함) 때 요양급여비용의 정해진 비율만 본인 부담하도록 산정특례가 적용됩니다. 전액본인부담금 항목과 100분의 100 미만 선별급여, 비급여는 산정특례 대상에서 빠집니다.
- 관련 상병이 아닌 진료: 산정특례에 등록된 상병과 무관한 진료는 일반 본인부담률을 따릅니다. 산정특례 공식 안내 기준으로 일반 환자 본인부담률은 입원 20%, 외래 30~60% 수준입니다.

산정특례 등록·재등록 방법
국민건강보험공단 안내 기준 등록 절차는 다음과 같습니다.
| 항목 | 내용 |
| 준비 서류 | 의사가 발행한 「건강보험 산정특례 등록 신청서」 1부 (희귀·중증난치·중증치매 공통 서식) |
| 신청 방법 | 의사가 희귀질환·중증난치질환 등으로 확진한 뒤, 병원에 비치된 신청서를 작성해 건강보험공단 지사에 직접 제출하거나 요양기관이 EDI로 대행 등록 |
| 적용 시작일 | 확진일부터 30일(토·공휴일 포함) 이내에 신청하면 확진일부터 적용. 30일을 넘겨 신청하면 공단에 신청한 당일부터 적용 |
| 적용 기간 | 희귀질환·중증난치질환: 등록일부터 5년. 상세불명 희귀질환은 1년. |
| 재등록 | 5년이 끝나기 전 재등록 요건이 맞으면 종료예정일 1개월 전부터 신청할 수 있습니다. 세부 기준(진단·치료 요건)은 산정특례 공식 안내와 담당 의료기관 확인이 필요합니다. |
놓치기 쉬운 포인트: 확진을 받고도 산정특례 등록 신청을 깜빡하면 7% 혜택을 못 받을 수 있습니다. 확진 뒤 30일 안에 신청해야 확진일부터 소급되니, 진료 담당의에게 "산정특례 신청서 발급 가능한지" 꼭 확인해 주세요.

2028년 상반기 5%까지 단계 인하
이번 7% 인하는 1단계입니다. 복지부 발표에 따르면 2028년 상반기에는 희귀·중증난치질환자의 본인부담률을 5%까지 낮출 계획입니다. 암·심뇌혈관질환 같은 다른 중증질환이 5%로 운영되는 것과 같은 수준입니다.
정부는 이번 1단계만으로도 산정특례 등록자 1인당 연평균 본인부담이 약 22만 원 줄어들 것으로 전망했습니다. 2028년 상반기 5%가 적용되면 추가 인하가 예정되어 있지만, 구체적인 추가 절감액이나 시행 시점은 입법 절차와 심의 결과에 따라 달라집니다. 2028년 적용 수치는 발표되면 공식 자료에서 따로 확인해 주세요.
자주 묻는 질문
Q1. 산정특례 등록을 이미 받았는데, 12월 1일에 추가로 신청해야 하나요?
보도참고자료에는 "2026년 12월 1일 이후 진료분부터 적용"이라고만 적혀 있고, 기존 등록자에게 별도 재신청을 요구한다는 안내는 없습니다. 적용은 진료일 기준이므로, 12월 1일 이후 해당 상병으로 진료받으면 7%가 적용됩니다. 별도 안내가 나오면 복지부·공단 공지에서 다시 확인해 주세요.
Q2. 비급여 치료비도 10%에서 7%로 줄어드나요?
아닙니다. 보도참고자료가 명시한 것처럼 비급여 진료비와 입원 중 식대 본인부담(50%)은 현행 유지입니다. 건강보험이 적용되는 급여 진료비에만 7%가 적용됩니다.
Q3. 등록된 상병과 다른 병으로 진료를 받으면 어떻게 되나요?
산정특례는 등록된 상병 진료에만 적용됩니다. 등록된 상병이 아닌 진료는 일반 본인부담률(입원 20%, 외래 30~60%)이 적용됩니다.
Q4. 5년이 끝나면 어떻게 되나요?
희귀질환·중증난치질환 산정특례는 등록일부터 5년입니다. 재등록 요건이 맞으면 종료예정일 1개월 전부터 재등록을 신청할 수 있고, 요건 확인은 담당 의료기관과 건강보험공단에 문의해 주세요. 재등록이 늦어 혜택 공백이 생기지 않도록 미리 상담하는 것이 좋습니다.
Q5. 입법예고 기간에 의견을 낼 수 있나요?
가능합니다. 2026년 11월 16일(월)까지 국민참여입법센터(opinion.lawmaking.go.kr) 또는 보건복지부 보험정책과로 의견을 제출할 수 있다고 복지부가 안내했습니다.
문의처·공식 자료
- 보건복지부 보험정책과 044-202-2702 (본인부담률 인하 총괄, 보도참고자료 담당)
- 국민건강보험공단 콜센터 1577-1000 (산정특례 등록·재등록 안내)
- 건강보험공단 지사: 산정특례 신청서 접수처
- 국민참여입법센터 opinion.lawmaking.go.kr: 입법예고 의견 제출
- 보건복지부 누리집 www.mohw.go.kr → 정보 → 법령 → 입법/행정예고 전자공청회: 개정안 상세 내용 공개
직접 확인한 공식 자료
- 보건복지부 보도참고자료 「희귀·중증난치질환자 건강보험 본인부담률 10% → 7% 인하 추진」 (2026-11-04, 담당 보험정책과)
- 정책브리핑 정책뉴스 「희귀·중증난치질환자 건강보험 본인부담률 10%→7% 인하」 (korea.kr, newsId=148974989)
- 국민건강보험공단 「본인일부부담금 산정특례 제도」 안내 (국민건강보험법 제44조, 시행령 제19조 제1항 별표2)
기준일: 2026년 11월 4일. 시행일(2026년 12월 1일 예정)과 본인부담률·연평균 본인부담액 수치는 입법 절차와 이후 보완에 따라 바뀔 수 있으니, 진료 전 복지부 또는 건강보험공단 공식 안내로 다시 확인해 주세요.
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